A Bionicle karaktereket könnyedén össze lehet téveszteni robotokkal, és gépies külsejükből eredően számos gúnynevet is kapott a sorozat a hagyományos Lego rajongóitól. Az igazság viszont az, hogy a Bionicle élőlényei többnyire egyáltalán nem robotok, hanem biomechanikus élőlények. Belső szerveik, izmaik organikus szövetekből épülnek föl, míg bőrük helyett protodermisz, protoacél vagy másfajta anyagú páncél és kisebb gépszerű alkatrészek fedik őket. Ezek pontos aránya a matorán univerzum lakóinál 85% mechanikus alkatrész és 15% organikus anyag. Egyéb Bionicle világok lakóinál az arányok mások. A Bara Magna nevű bolygó lényei például teljesen organikusan születnek, és csak később, fokozatosan adnak magukhoz gépi elemeket, amelyek gyakorlatilag implantátumokként működnek. Természetesen léteznek teljesen robotikus szereplők is, akiket nem lehet igazából „élőlénynek” tekinteni. Ilyenek például a Bohrok, vagy a Verem őrrobota Maxilos, míg a Rahkshik csupán páncélzatok, amikbe Kraata férgeknek kell belebújniuk.

A teljesen organikus lények már ritkábbak a matorán univerzumon belül, és a „hagyományos” biomechanikus lények általában meghökkenve tekintenek rájuk. Vannak olyanok is, akik nem is rendelkeznek testtel: ilyenek a Makuták, akik esszenciája az antidermisznek nevezett szellemszerű gáz.

Azonban attól, hogy a szereplők többsége nem gép, még nem szabad azt feltételezni, hogy természetes módon jöttek a világra. A matorán univerzum lakóit egytől-egyig más lények alkották vagy teremtették meg (az elsőket a Nagy Lények „hozták a világra”, ám a Nagy Szellem, Mata Nui és a Makuták is kivették részüket a teremtésből), hogy gyakorlatilag robotokként működve lássák el a nekik kiszabott feladatköröket. A jelek arra vallanak, hogy a Nagy Lények hibákat vétettek teremtéseik közben, és a teljes matorán kultúra és mitológia létrejötte (melyek feleslegesek lennének munkáik elvégése szempontjából) is erre az alapvető hibára vezethető vissza.

Általánosan minden értelmes matorán univerzum-béli Bionicle lényre jellemző, hogy van egy jóságos fény és egy gonosz árnyék oldala, de ezekhez önmaguktól nincs hozzáférésük. Ezek az oldalak a lények elveihez, moráljaihoz kötődnek. A nem gondolkodó lényeknek, így a Rahi vadaknak valószínűleg nincs elkülöníthető fény és árnyék oldaluk. Ha valamilyen módon egy lény behatol a saját árny oldalába, akkor elveszíti a fényét, és gonosz lesz, egyszersmind árnyék alapú erőkre tesz szert. Fény elszívására képesek például a nemrég kifejlesztett árnyékpiócák, melyekkel a Makuta Testvériségének tagjai hoztak létre árnyék matoránokat. A fénytől megfosztott lényeket az árnyékpiócák jóvoltából körülveszi egyfajta pajzs is, ami a fény behatolását hivatott megakadályozni azok testébe, akiktől elvonták azt. Ha ezt a láthatatlan pajzsot megtörik, a fény szabadon beáramlik, hogy kiegyenlítse a fény-árnyék eloszlását a testben. Erre egyedül a Klakk nevű repülő vadállat képes, szónikus sikolyával. Ugyanakkor olyan esetről sincs eddig tudomásunk, hogy valaki a fény oldalába hatolt volna be, hiszen ezt sokkal nehezebb megtenni, mint a sötét oldalba behatolni. Egy különös esetet jelképez az eddigi Fény Toája, Takanuva, akit egy árnyékpióca támadott meg. Mielőtt azonban minden fényét kiszívhatta volna, a piócát megölték, s így Takanuva félig árnyék erejűvé változott. Most már a Fény és Árnyék Toájának hívják, nem kanonikus beceneve a „Félhomály” Toája. A fényt eddig Karda Nui fény-matorán népességének nagy részéből távolították el teljesen, valamint Vicanból, aki egy le-matorán volt, és meg akarta változtatni az életét. Azóta minden árnyék matorán és Takanuva visszaváltozott normálissá, hála az egyetlen ismert Klakknak, amely sajnos nem sokkal később, Mata Nui felébredésekor, az életét vesztette. A Makutákban pedig már egyáltalán nem maradt fény, és mivel ők szándékosan váltak meg tőle, pajzs sem veszi őket körül, ami megakadályozná a visszaáramlását. Egy nőnemű Vortixx is ismert, Roodaka, aki szintén behatolt saját árnyék oldalába.

A „Bionicle univerzum” kifejezés 2001-től, vagyis a sorozat kezdetétől egészen 2008-ig azonos volt a „matorán univerzum”-mal, azzal a világgal, amelyet a matoránok (alighanem a leggyakoribb, legáltalánosabb élőlényei a világuknak) ismertek. Azonban miután kiderült, hogy az univerzum maga valójában egy Bionicle szereplő, Mata Nui, és a 2008 után játszódó történet már kilép ebből az univerzumból, a két kifejezés többé nem lehet egyenértékű. Teljes leírást a Bionciel történetéről képtelenség lenne írni, ugyanis csak nagyon kevés információ áll a rajongók rendelkezésére a Bioncle világmindenségének kezdeti szakaszairól, a matorán univerzumot teremtő Nagy Lényekről, valamint az indítékaikról. Azonban a közelmúlt felfedései (elsősorban a BionicleStory.com oldalon megjelenő történeti fejezetek ) lehetővé teszik, hogy nagy vonalakban fel lehessen vázolni egy levezetést az ismert Bionicle történelemből, és a jelentősebb alapeseményekből.