A játékok pózolható, tagolt karakterek, és néhány alkatrészt megosztanak a Lego Technic ággal. Az ág karakterei a klasszikus elemekre és a Lego által kidolgozott történetre épülnek. A legtöbb karakter – elsődleges hősök a Toák vagy Glatorianok, falvak vezetői a Turagák vagy Agorik, lakosok a matoránok vagy Agorik, – egy elemhez kötődik, amit színük vagy egy prefixum alapján lehet megkülönböztetni (az idő során a Lego lassan felhagyott ezzel az elvvel):

• piros (rendszerint tűz, „Ta-”)
• kék (víz, „Ga-”)
• fehér (jég „Ko-”)
• zöld (levegő vagy dzsungel, „Le-”)
• fekete (föld vagy szikla, „Onu-” vagy „Nu-”)
• barna/sárga (kő vagy homok „Po-”)

Ezek az alapszínek, melyek természetesen keveredhetnek, és nem feltétlenül ugyanazokat az elemeket jelölik (például a sárga/arany Mata Nuinak nincs eleme).

Igaz, minden hatos csoport követi ezt a színsémát, a legtöbb „rosszfiúnak” különbözik az elemi ereje a színüktől, ha egyáltalán van nekik. A prefixumok többnyire a matorán fajták és élőhelyük megkülönböztetésére szolgálnak (például a tűz-régió lakosai ta-matoránok vagy a jég-régió Ko-Wahi), de sok karakternek a nevében is benne van ez a prefixum valamilyen módon (például a Nuva Toának vagy Rahkshiknak).

Egyéb, kevésbé gyakori elemek a történetben a plazma (narancs-fehér), gravitáció (lila-fekete), mágnesesség (sötétszürke-fekete), elektromosság (fehér-kék), növény (zöld-kék szín), hang (szürke), pszichika (arany-kék), vas (metálszürke-sötétnarancs), fény (arany és fehér, de színváltoztató képességgel) , valamint árnyék (bármilyen szín). A mocsár elem csak egyszer tűnt föl.

A Bionicle volt az első, saját történettel rendelkező ág a Lego történelmében, mely több mint két évig megállt a lábán – eleinte a Lego úgy tervezte, egy év után befejezi, de a bevételek, valamint a történeten dolgozó Greg Farshtey javaslatára meggondolták magukat. Továbbá ez volt ez első Lego termék melyből film készült (A Fényálarc, Metru Nui legendája, Árnyak hálójában, A legenda újjászületik). Nagyobb filmstúdiók többször is megközelítették a Lego céget egy mozifilm ötletével, de ők visszautasították az ajánlataikat, attól tartva, hogy a kicsúszna irányításuk alól a történet menete. Például több stúdió is élő színészek alakította gyerekeket akart volna beépíteni a cselekménybe, holott a Lego szigorúan megtiltotta emberek és Bionicle karakterek közös szerepeltetését a kanonikus történetben.

A Bionicle történet többnyire könyvekben és képregényekben követhető, melyeket Greg Farshtey írt. A széria első öt évében Bob Thompson volt a főnök, aki a történet és a készlettervek menetét diktálta. 2006-ban kilépett, ezt követően Greg vette át a vezetést. Azonban az alapelvek megmaradtak: a történetet évről évre kibővítik, mindegyik nagyobb történeti ág összekapcsolódik. A rajongók azt is igen megbecsülik, hogy a Bionicle történet alkotógárdája (akiket „Story Team”-nek hívnak) minden szabadon hagyott szálat igyekszik befonni, s ebben ők is a segítségükre vannak. E célból, miután a Story Team feloszlott, megalakítottak egy saját internetes brigádot a történeti javaslatok, észrevételek feldolgozására és továbbításara.

A történetet magát nehéz lenne egy megadott forrásból követni, ugyanis több különálló „szinten” zajlik egy-egy év során. Az elsődlegesek a könyvek és a képregények voltak, amelyek az éppen kapható játékfigurákat szerepeltették, és az alaptörténetet vázolták fel (a képregény csak kisebb-nagyobb részletekben, míg a könyvek ezt sokkal jobban kibővítették). Előfordult, hogy mindkét médiafajta ugyanazt a mesét mondta el, de általában a könyvek mellékszálakra is összpontosítottak. Esetenként kiadtak DVD-re készült filmeket is, melyek egy adott év teljes vagy fél történetét igyekeztek tömöríteni, de lényegében csak máshogyan is elérhető történetek megfilmesített formái voltak. A már nem kapható figurák csak időnként jutottak bennük szerephez.

A Scholastic kiadó könyveinek gyártása abbamaradt, a lengyel Ameet kiadó azonban publikált pár saját kötetet, és a Papercutz képregény-gyűjtemények is megjelennek még.

A második nagy „szintet” a melléktörténetek jelentik, melyeket ingyenesen, az Interneten tesznek közzé, de akár könyvek (elsősorban gyermekkönyvek) formájában is olvashatók. Az ilyenekben elmesélt események lazábban-szorosabban kapcsolódnak a főszálhoz, és arra szolgálnak, hogy jobban bemutassák a szereplőket, előéleteiket, céljaikat, kalandjaikat, ha a könyvekben erre nem elég a hely. Az ilyen melléktörténetek másik nagy előnye, hogy a már kifutott figurák is korlátlan szerepet kaphatnak bennük, így a rajongók régi kedvenceiről sem kell lemondani. Valamint igen sok játék formában nem kapható szereplő is feltűnik. A mellékcselekmény számos témát dolgoz fel, és célkorosztálya is tág, mivel találni köztük oktató jellegű gyerekmeséket és az érettebb közönséghez szóló háborús históriákat is. Ezekben a melléktörténetekben az írónak alkalma nyílik a Bionicle világ kitágítására, hogy elmesélje, hogyan jött létre mindaz, ami és aki a fő történeti szálban felbukkan. A magazinok és enciklopédiák is tartalmazhatnak melléktörténeteket.

A rajongók időről időre történetíró pályázatokat hirdetnek, s a nyertes írásokat rendszerint jóváhagyják és befogadják a kánonba. A játékok beszüntetésével a web-sorozatok és ezek a pályázatok maradnak a történet egyetlen médiumai.

A harmadik fokozat pedig nem csoportosítható semmilyen egységes médiába sem. Ezek lényegében a történeti összefüggések közti kapcsok, amelyek az íróval való rajongói társalgások során kerülnek napvilágra. Nem csak szereplők eddig ismeretlen tulajdonságai derülnek ki így, hanem mélyen belemerülnek a Bionicle mítosz ősi szakaszaiba is. Ugyan a könyvekben, képregényekben néha szerepelnek ilyen jelenetek, leginkább úgy lehet őket megérteni, ha valaki gyakran látogatja a témával foglalkozó internetes fórumokat.

A Bionicle szereplők neveit eleinte polinéziai népek szavaiból válogatták, ami egy hírhedt összetűzéshez vezetett a maori nép és a Lego közt. A pert elkerülték, és a cég ígéretet tett, hogy több szavukat nem használja fel, néhányat pedig kénytelen volt megváltoztatni (Tohunga - Matoran, Jala - Jaller, Huki - Hewkii, stb.). Csak a legfontosabbakat hagyták meg (ilyen a Toa, Turaga, Tahu, stb.), néhány név pedig az idők során ismét elfogadhatóvá vált (például Goko-Kahu, ami egy ideig csak Gukko volt). Az újabb neveket a Story Team tagjai találták ki, ezeket aztán egy listán összegyűjtve leadják, hogy leellenőriztessék, melyeket használhatják később a karakterekhez. Utóbb már a rajongók is tehettek fel javaslatokat. Az olyan neveket általában nem engedélyezik, amelyek egy másik nyelvben gyakran előfordulnak, netán káromkodást jelentenek. Ettől még azonban néha-néha átkerül egy pár ilyen név a rostán, példának ott a „Balta” nevű matorán. A nevek jogi ellenőriztetése rengeteg pénzbe kerül, akár 10000 dollárba is, így nem minden szereplő, mellékszereplő lesz megnevezve. Természetesen az érthető olvasás érdekében ez alól is vannak kivételek, például Nikila Toa, akit csakis azért kereszteltek el, hogy más karakterek ne „Hé, te”-nek nevezzék a rövid szereplése alatt.