Ezer évvel az előtt hogy a Toa Maták megérkeztek volna Metru Nui egy csodálatos metropolisz volt. Hat körzete magas kristálytornyoknak, transzporcsöveknek, kohóknak, hogy szinte bármit előállítsanak, bölcsességek csarnokának, és szobrokkal teli földeknek adott otthont. A Matoranok boldogak voltak és nem is tudták, milyen veszély közeleg feléjük. Egy legendás hős, Toa Lhikan állított be hat Matoranhoz, ajándékot hagyva, ami megváltoztatta életüket. Whenua egy levéltáros volt Onu-Metruból; Nokama tanár Ga-Metruból; Matau teszsöfőr Le-Metruból; Nuju tudós Ko-Metruból; Onewa szobrász Po-Metruból; és Vakama, maszk készítő Ta-Metruból. Lhikant utolsó látogatása során két Sötét Vadász elrabolta. Mind kaptak egy követ és egy utasítást, hogy menjenek a Ga-Metrui Nagy Templomba, ahol Toákká változtak.

 

 

A Toák felfedezték, hogy a várost egy Morbuzakh nevű növény veszélyezteti. Úgy tűnt, semmi sem állítja meg a Matoranokat a sziget szíve felé szorító lényt, de Toa Vakamának víziója támadt. Hat Nagy Kanokát látott, ami legyőzi a Morbuzakhot, és hat Matorant, akik elvezetik hozzájuk. Így a keresés elkezdődött. Keresésük folyamán rájöttek, hogy az egyik Matoran áruló, de ennek ellenére is sikerült megtalálniuk a korongokat és elpusztítaniuk velük a Morbuzakhot. Azt gondolva, hogy a veszélynek vége volt, felajánlották a Nagy Kanokákat Turaga Dumének, a sziget vezetőjének a Kolosszeumban. Ahelyett, hogy hősökké kiáltotta volna ki, csalónak nevezte őket, akik elrabolták Lhikant.Ezen indoknál fogva bebörtönözte Onewát, Nujut és Whenuát – de Vakama, Nokama és Matau megszökött. Menekülésük során Vakama rájött hogy a Nagy Korongokat össze tudja fúzionálni, hogy megalkossa az Idő Korongját. Ez volt a kulcs ahhoz, amivel Turaga Dume megbízta, hogy elkészítse az Idő Maszkját. Újabb víziót látott, mikor Po-Metruban jártak, hogy a Matoranokat tartályokba rakják.

 

 

Lhikan keresésére indultak, átküzdve magukat a két Sötét Vadászon, a brutál és buta Krekkán, és a négylábú alattomos Nidhikin. Matau frissen felfedezett alakváltó maszkereje kimentette őket, és nokama fordítás maszkereje összebarátkoztatta őket egy horda Kikanaloval. Időközben Onewa, Nuju és Whenua találkoztak egy titokzatos Turagával a börtönükben. Az alak tanítani kezdte őket, hogy megismerjék maszkerejüket. Egy rossz nekifutás után, amit egy viszály követett, a Toák felfedezték erejüket. Mikor megszöktek, magukkal vitték a Turagát is. Po-Metru sötét alagútjaiban a Toák újra összejöttek, és a Turaga felfedte hogy ő Lhikan. Az alagútban számtalan tartály volt, amilyeneket Vakama víziójában látott. Felnyitva egyet megtalálták az igazi Turaga Dumét, kómában, maszk nélkül. De akkor ki vezette a várost Dume maszkja mögé rejtőzve? Kiüldözve az alagutakból a Vahkik által, a csapat egy üres várost talált. Hová tűntek a Matoranok? Céljuk a Kolosszeum volt, hogy szembeszálljanak a hamis Turaga Duméval, és épp időben érkeztek, hogy lássák az utolsó Matoranokat tartályokban a Kolosszeum alá szállítani. A Toák dühödten szembeszálltak Duméval, de maszkját levéve felfedte, hogy igazából ő Makuta!

 

 

Sötétség lepte be a várost, ahogy rázkódott. Az árnyak kora elérkezett, és a Nagy Szellem, Mata Nui, mély álomba merült. Képtelenek lévén megállítani Makutát, a Toák és Turaga Lhikan meglógtak egy Vahki szállítóhajóval, megragadva hat Matoran tartályt. A Sötét Vadászok támadtak, de egy erős örvény magába szívta őket, ami Makuta volt, velük erősítve önmagát. A Toák a hajót a protodermisz tenger felé irányították, de Makuta megelőzte őket és a háborgó tengerben álló sziklára szállt le. Menekülésük során Vakama az Idő Korongjából létrehozta a Vahit, az Idő Maszkját. Ezen erős és veszélyes Kanohi segítségével Vakama lelassította Makuta körül az időt, de nem tudta kontrolálni a hatalmas erőt, és ereje kiteljesedett rá is. Csak Turaga Dume tudta megmenteni a Toát Makuta árnykeze elől - élete árán. Vakama végre felfedezte maszkerejét: láthatatlanság, de egyedül nem tudta legyőzni Makutát. A sötét alak épp a Vahi maszk felvételére készült, de Vakama korongjával kiütötte kezéből az óceánba. Kikerülve az ütéseket, a Toa sarokba szorult, mikor megérkezett öt társa. Egyesítve elementális erejüket kristálybörtöbe zárták Makutát. Makuta már nem jelentett veszélyt, de útjuk itt nem ért véget. Egy újabb földrengés rázta meg a tengert, és a hajó egy rés felé tartott a Nagy Korlátban, új otthonuk felé.